Il Comitato di Controllo del Network Italiano e del Registro Clinico fissa i criteri di ammissione al network e al progetto del Registro da parte dei centri di riferimento e svolge funzioni di controllo, del rispetto degli accordi e degli standard di sicurezza dei dati contenuti nel Registro Clinico.
Il Comitato di Controllo dura in carica 4 anni ed è composto da 5 membri.
Il Coordinatore del Comitato di Controllo è il rappresentante di Mitocon. Il coordinatore del Comitato di Gestione è il Responsabile del Registro Clinico.
Tra le attività svolte dal Comitato di Controllo ci sono quelle della produzione scientifica che si avvale del contributo dei dati del Registro Clinico.